Le concile de TRENTE n'a été rendu possible que lorsque tous les Etats se sont retrouvés face à un problème politique : celui d'une nouvelle religion qui pouvait potentiellement renverser les habitudes et les pouvoirs en place. Ses dispositions traitent donc ce problème. En cela le Concile peut être qualifié de Contre-Réforme... mais il arrive trop tard. C'est d'un contre-feux, qu'il s'agit. En réaffirmant ses bases doctrinales, l'Eglise se rassure et se remobilise.
D'abord, les sources de la Révélation sont maintenues : la mission enseignante de l'Eglise est de veiller à la parfaite intégrité de ces deux sources de la foi : l'Ecriture Sainte et la Tradition. Le Concile renouvelle l'ancien canon de la Sainte Ecriture, fixe dans la Vulgate le texte authentique et se préoccupe de son interprétation et de sa diffusion. La doctrine centrale du Luthéranisme est celle de la corruption irrémédiable de la nature humaine et la justification par la foi seule. Le Concile lui oppose une réfutation définitive. Dans la Vème session, il définit le péché originel, transmis par nos premiers parents, qui est enlevé par le baptême. Néanmoins demeurent en l'homme la concupiscence et la tendance au mal.
La VIe session aboutit au fameux DECRETUM DE JUSTIFICATIONE. C'est le chef d'œuvre du Concile de Trente. Il spécifie qu'on doit croire que la rémission des péchés ne s'obtient que gratuitement par la miséricorde divine à cause du Christ. L'assurance qu'on pourrait avoir de la rémission de ses péchés n'est pas ce qui procure cette rémission. Personne n'est absous de ses péchés ou justifié à moins qu'il ne croie fermement qu'il est absous et justifié... Enfin, si aucun homme pieux ne doit douter de la miséricorde divine, du mérite du Christ, de la vertu et de l'efficacité des sacrements, tout homme, s'il se considère en lui-même avec sa propre faiblesse peut craindre et trembler pour son état de grâce. Le Concile estime par ailleurs qu'il faut attribuer à la grâce prévenante le début de toute activité salutaire, mais l'homme doit coopérer à cette impulsion pour arriver à la justification.
Le Concile rétablit le prestige de la Messe et de l'Eucharistie, mis à mal par les protestants. Il définit à la fois la réalité de la présence et l'intégrité de cette présence : " Si quelqu'un nie que dans le sacrement de la très sainte Eucharistie soient contenus vraiment, réellement et substantiellement le corps et le sang avec l'âme et la divinité de Notre Seigneur Jésus-Christ, et par conséquent le Christ tout entier, mais prétend qu'ils n'y sont qu'en signe ou en figure, ou par leur vertu, qu'il soit anathème". Quant au mode de la présence à l'objection de Calvin qui prétend que si le Christ se trouvait sur terre il n'y serait plus au ciel, le concile répond : "il n'y a pas contradiction entre ces deux faits que notre Sauveur continue toujours d'être au ciel et à la droite de son Père, selon sa manière d'être naturelle, et que néanmoins il nous soit présent en plusieurs autres lieux..."