Bien qu'elle condamne officiellement les actes de terrorisme dans les forums internationaux tels que l'ONU, l'Algérie a longtemps justifié le recours à la violence pour les mouvements de libération, et a autorisé certains mouvements à avoir des bureaux sur son territoire. Cette position a permis à l'Algérie, par exemple, d'exercer un rôle de médiateur pour la libération des otages occidentaux au Liban (1988). Avec la montée du terrorisme islamique, l'Algérie a durci sa position en la matière.

Ainsi, l'Algérie a abrité les membres de mouvements terroristes actifs dans d'autres pays tels que l'Organisation Abou Nidal (ANO). Elle soutient de manière discrète le Front Populaire de Libération de Saguia el-Hamra et du Rio de Oro (Front Polisario).

Exploitant une situation sociale difficile, les mouvements islamistes se sont développés en Algérie tout au long des années des années 80. Les émeutes d'Alger, en octobre 1988, marquent le début d'un essor brutal de l'islamisme. Trois mouvements apparaissent successivement : el-Nahda en 1988, dirigé par Abdallah Djaballah ; le Front Islamique du Salut (FIS) en mars 1989, dirigé par Abassi Madani ; le Hamas en décembre 1990, dirigé par Mahfoud Nahnah.

La violence commence à se manifester en novembre 1991 par l'attaque d'un poste militaire algérien à la frontière tunisienne. Elle se développe avec l'annulation des élections parlementaires de décembre 1991, qui donnaient le FIS victorieux et l'interruption du processus électoral en janvier 1992, suivi de la déclaration de l'état d'urgence le 9 février. Le mouvement islamique se fractionne rapidement en groupuscules violents et souvent rivaux.

Les différents mouvements actifs en Algérie ont établit un organe de coordination entre eux: le Commandement Central des Moudjaheddines.

Le sud algérien est en proie aux luttes séparatistes touaregs, et plusieurs mouvements cohabitent au sud du pays.