L'Egypte lutte, depuis le début des années 50 contre la montée du fondamentalisme islamique, stimulé par le mouvement des Frères Musulmans. L'incident le plus marquant a été le massacre de 58 touristes étrangers le 17 novembre 1997 à Louxor.

La politique égyptienne contre le terrorisme est vigoureuse et l'Egypte collabore avec de nombreux pays occidentaux - y compris par l'échange de renseignements. Au début février 1999, 107 terroristes, parmi lesquels Aïman al-Zaouahiri, bras droit d'Oussama Bin Laden et chef du Nouveau Groupe du Djihad et de l'Avant-Garde de la Conquête, ainsi 13 membres du Djihad Islamique arrêtés et extradés par l'Albanie.

Le terrorisme islamique a fait quelques 1 200 victimes entre 1992 et 1999 en Egypte.