La petite taille de l'église haute (42 mètres de long) s'explique par la destruction de la nef en 1803. La faible hauteur de l'élévation (10 mètres dans le chœur, 14 mètres sous la coupole du transept) est lié au caractère roman de l'édifice.
A l'origine, la nef aujourd'hui disparue (partie grise sur le plan) donnait accès, par un jeu d'escaliers, soit au chœur, soit à l'église basse. Il y avait donc une espèce de double église qui permettait de mieux réguler le flux des pèlerins.

Aujourd'hui, on pénètre dans l'église au niveau de la croisée du transept. Celui-ci est composé de croisillons d'une travée, qui constituent en quelque sorte des chapelles latérales. Le croisillon nord est voûté d'ogives, le croisillon sud est couvert d'une voûte en berceau brisé.

 L'ancien chœur roman (en mauve sur le plan), qui sert aujourd'hui de nef, comporte quatre travées droites. Il est couvert par une voûte en berceau, alors que les bas-côtés, éclairés par de larges fenêtres, sont couverts par des voûtes en demi-berceau. L'élévation est à un seul niveau. Les arcs en plein cintre des grandes arcades reposent sur des chapiteaux à motifs floraux. Une colonnette relie ces chapiteaux aux arcs doubleaux qui soutiennent la voûte.

  La crypte, où repose St Eutrope, constitue une véritable église basse, voûtée d'arêtes. Sa longueur est de 35,5 mètres et sa hauteur de 5 mètres. Refaite au XVe siècle, elle reproduit le plan de l'étage supérieur : transept, quatre travées droites, voûtées d'arêtes, augmentées d'un rond-point à cinq pans, qui ouvre sur trois chapelles voûtées en cul de four. Les bas-côtés, voûtés d'arêtes, forment un déambulatoire.

Certains éléments ornementaux méritent d'être remarqués. C'est le cas de la cuve baptismale (chapelle nord), qui date du XIIe siècle. A ses côtés, on trouve un puits de 45 mètres de profondeur.

Enfin, les chapiteaux sculptés sont d'une finesse qui s'apparente à la broderie.