Fille de Robert II de Bourgogne et d'Agnès de France, Marguerite épouse à quinze ans, en 1305, le fils aîné de Philippe le Bel, futur Louis X le Hutin, dont elle eu une fille, Jeanne.

En 1314, avec sa belle-sœur Blanche de la Marche, épouse d'un frère de Louis X  qui sera Charles IV le Bel, elles sont convaincues d'adultère avec deux frères, des gentilshommes normands, Philippe et Pierre Gautier d'Aulnay. 

Enfermée au Château-Gaillard, Marguerite de Bourgogne y est étranglée quelques mois plus tard sur l'ordre de son mari qui vient de monter sur le trône.

Blanche aura un sort moins tragique. En 1322, elle est répudiée et prend le voile à l'abbaye de Maubuisson où elle meurt quatre ans plus tard. 

Alexandre Dumas a fait de ces épouses infidèles les héroïnes de son célèbre roman : La Tour de Nesle (1832).

Cet édifice selon une tradition légendaire, passait pour avoir été le théâtre des "orgies" des deux sœurs. Il fut démoli en 1663.

Maurice DRUON de l'Académie Française, dans sa vaste fresque historique (7 tomes) rassemblée, de 1955 à 1960, sous le titre des Rois maudits a également relaté ce tragique épisode : tome II, La reine étranglée.