La façade de Saint-Bénigne est très austère. Le porche est surmonté d'une galerie appelée galerie du Gloria (le prêtre y bénit les rameaux). Au second niveau, on trouve une baie à trois lancettes surmontées d'une rose. Au-dessus une seconde galerie lie les deux tours qui flanquent l'ensemble. Elle est coiffée d'un petit pignon. Les deux tours, hexagonales, sont agrémentées de tourelles. Malgré ses ornements, c'est le caractère massif de la façade qui l'emporte.
          Sous le porche, on trouve un portail refait entre 1818 et 1822 : le tympan représente Jésus chassant les marchands du temple et un bas-relief relate la lapidation de Saint-Etienne. On ne peut que regretter la disparition du portail roman.

          Le transept ne se démarque pas des collatéraux par sa largeur mais ses voûtes sont plus hautes Le triforium qui court dans le transept est, comme celui du chœur, plus travaillé que celui de la nef. On peut faire la même remarque à propos des chapiteaux, qui sont sculptés dans le transept et dans l'abside alors qu'ils ne le sont pas dans la nef. Cette rupture s'explique par le manque de moyens financiers qui s'est fait plus pressant vers la fin de la construction.
          Le chœur, qui ne comprend que deux travées, est construit dans une pierre ocre, différente de celle utilisée pour le reste de l'édifice. Les fenêtres hautes qui l'éclairent sont composées de trois lancettes surmontées d'une rose.

Plan de la crypte

On trouve quelques chapiteaux sculptés, dont certains mettent en scène des orants. Dans le martyrium, on peut voir la base du sarcophage de Saint-Bénigne et des absidioles en cul-de-four (il y avait à l'origine une église souterraine).

Exemple de chapiteau de la crypte (Atlante).