C'est le premier abbé de Cluny, Bernon, choisi par Guillaume le Pieux, qui fonde l'ordre. Celui-ci reçoit, en 931, le droit de rendre justice et de prendre la direction de tout monastère se plaçant sous sa protection, ce qui lui permet de créer rapidement un puissant réseau. Les principaux traits distinctifs de Cluny sont la prière perpétuelle (le travail, si important dans l'équilibre bénédictin, est laissé aux convers), l'aide aux pauvres et le culte des morts (qui constitue l'une des principales ressources du monastère). Cluny est profondément ancré dans l'ordre seigneurial et aristocratique. Le monastère de Cluny fonctionne comme une sorte de place forte, intégrant un bourg et ses activités économiques. Au-delà des murs s'étend la seigneurie. Les moines sont défendus d'éventuelles attaques par des seigneurs alliés, puis par les bourgeois du bourg (au milieu du XIIe siècle).
          La seconde phase d'expansion de Cluny se fait sous l'abbatiat d'Odilon (994-1049). L'ordre reçoit le privilège d'exemption, qui le libère totalement de la tutelle de l'évêque diocésain. Accordé à Cluny seul en 998, ce droit s'étend en 1024 à toutes ses dépendances. Odilon instaure de véritables liens juridiques entre Cluny et les divers monastères qui se sont placés sous sa protection, formant une véritable congrégation monastique. A cette époque sont rédigées des hagiographies des abbés, l'histoire de Cluny et les cartulaires (coutumes). Cluny veut alors se charger de réformer non seulement les mœurs de l'Eglise mais aussi celles de la société (en étant à l'origine, par exemple, de la trêve de Dieu). C'est sous l'abbatiat d'Hugues de Semur (1049-1109) que l'ordre connaît son apogée, en Europe et jusqu'en terre Sainte. Cluny participe aux grands choix ecclésiastiques (réforme grégorienne, développement du pèlerinage de Saint Jacques...). Le pape Urbain II, qui lance la première croisade, est clunisien. Au début du XIIe siècle, l'ordre regroupe 1400 maisons et 10 000 moines. L'ensemble clunisien est considéré comme un corps dont Cluny serait la tête. Les conflits entre la tête et les membres sont arbitrés par le Papa lui-même.
          Cependant, les premières difficultés commencent à se faire sentir. En 1098, la fondation de Cîteaux, en réaction à Cluny, annonce une vive concurrence entre les deux ordres. Pierre le Vénérable (1122-1156), dernier grand abbé de Cluny, doit soutenir des polémiques contre Bernard de Clairvaux (voir ci-dessous). Il se distingue de celui-ci notamment par sa plus grande tolérance à l'égard d'Abélard. De nombreuses critiques affectent l'ordre : on lui reproche son faste, son formidable enrichissement (qui ont cependant favorisé le développement de l'art roman) et son relâchement moral. Pierre de Vénérable entreprend donc une réforme. La mise en place du faire-valoir direct rend l'ordre indépendant des dons. Le premier Chapitre général est réuni en 1132. Sous l'abbatiat d'Hugues V (1199-1207), de nouveaux statuts sont rédigés, qui instaurent un Chapitre général annuel. Si la situation de l'ordre se stabilise grâce à ses efforts, il ne retrouve pas son prestige initial, même s'il compte dans ses rangs Richelieu et Mazarin. La généralisation de la commende, ajoutée à la dégradation de la situation financière des monastères, amoindrit la puissance clunisienne. A une phase de rémission, au XVe siècle, succède une période de conflit au XVIIIe siècle. Comme à Citeaux (cf. plus bas), des divisions apparaissent entre deux observances (étroite observance et ancienne observance). richelieu, puis Mazarin, tentent en vain d'unir l'étroite observance avec le mouvement de Saint Maur puis celui de Saint Vanne (mouvement lorrain). Les querelles internes ne s'apaisent qu'avec la reconnaissance du dualisme. L'ancienne observance réunit 30 prieurés et l'étroite observance 20 monastères, parmi lesquels on trouve les plus importants (Cluny, La Charité). A la même époque, la congrégation de Saint Maur regroupe 190 monastères. L'ordre de Cluny est définitivement supprimé à la Révolution.