La majorité des chiites sont dits «duodécimains» ou «imamites», car ils reconnaissent l'autorité de douze imams (Ali et ses onze successeurs) comme celle de véritables guides inspirés par un décret d'origine divine rendu en faveur de la descendance d'Ali. Le douzième et dernier imam ne serait pas mort mais aurait été «occulté» (c'est-à-dire qu'il aurait mystérieusement disparu) au IX^e-X^e siècle. Vivant dans un monde invisible, l'«imam caché» (mahdi) doit revenir un jour définitivement parmi les hommes pour faire régner la justice. Cette dimension messianique du chiisme, avec sa mystique de la souffrance salvatrice, a été entretenue par le nombre important d'imams assassinés, ce qui a donné naissance à une martyrologie impressionnante avec ses lieux saints (al-Nadjaf, Karbala...). Le chiisme duodécimain est majoritaire et est religion d'État en Iran. D'importantes communautés chiites vivent également en Iraq et au Liban.

Dans la conception chiite de l'imamat, qui est restée minoritaire en islam, l'imam apparaît comme une sorte de «prêtre-roi», considéré comme l'unique source de toute autorité spirituelle et temporelle, et infaillible. Ce point de vue s'est imposé surtout en Perse, où il correspond probablement à des traditions bien antérieures, et où le chiisme est devenu religion d'État avec l'implantation de la dynastie séfévide à partir du XVI^e siècle. Fait exceptionnel dans l'islam, les ayatollahs iraniens se sont constitués en un véritable «clergé» (notion étrangère à l'islam). Dirigé par les docteurs de la Loi, ce «clergé» s'est doté d'une grande autonomie politique et économique. Aux yeux des chiites, le pouvoir constitué n'a aucune légitimité, car celle-ci ne sera accordée qu'au seul imam caché, le mahdi, dont ils attendent le retour et qui assurera le triomphe de la vérité.

Le chiisme se divise en autant d'obédiences qu'il y a d'imams «reconnus»; on en dénombre une soixantaine. Les principales obédiences, outre celle des duodécimains, sont celles des zaydites au Yémen, qui ne reconnaissent que cinq imams, et des ismaéliens, au Proche-Orient, en Inde et en Afrique orientale, appelés septimains car ils ne reconnaissent que sept imams; issues de ces derniers, on trouve les sectes des Druzes, des haschischins et des Alaouites. Les ismaéliens, considérés comme des extrémistes, persécutèrent les sunnites, ce qui leur valut en retour de violentes répressions. Ils fondèrent les dynasties des Fatimides (Afrique du Nord, Égypte) aux X^e-XII^e siècles, et la secte des Qarmates (X^e siècle), qui survit à Bahreïn et au Yémen.