La Pragmatique Sanction de Bourges (1438), tout en reprenant certaines décisions du concile de Bâle (périodicité des conciles et supériorité des conciles sur le pape), affirmait le droit du roi de France sur la surveillance générale de l'Église (régalisme) et insistait sur le rétablissement des élections épiscopales et abbatiales. Avec le concordat de 1516, le gallicanisme royal triomphait désormais: les élections aux bénéfices majeurs étaient supprimées, le roi désignait un candidat au pape, qui lui donnait la consécration canonique.

Pour fortifier sa position dans le conflit qui l'opposait au pape à propos de la régale (droit qu'avait le roi de toucher les revenus des évêchés vacants et de nommer aux bénéfices sans charge d'âmes qui en dépendaient), Louis XIV provoqua la réunion d'une assemblée générale du clergé français d'où sortirent les quatre articles rédigés par Bossuet (1682) et qui seront désormais la charte du gallicanisme: le pouvoir des papes est purement spirituel; les rois ne peuvent donc leur être soumis; la puissance spirituelle du pape est limitée par les conciles généraux, et en France par les coutumes du royaume et de l'Église; le pape a une «part principale» dans les questions de foi mais son jugement n'est «irréformable» que s'il est confirmé par l'Église. Ces quatre articles, adoptés par le Parlement, firent l'objet d'un enseignement dans les facultés de théologie et les séminaires, malgré une reculade de Louis XIV en 1693 devant la forte réaction du Saint-Siège.

Au XVIII^e siècle, le roi eut besoin de l'autorité du pape dans sa lutte contre le jansénisme: le gallicanisme royal s'effaça devant le gallicanisme parlementaire. Les conflits furent nombreux non seulement avec l'épiscopat, mais aussi avec le roi, à cause de la protection plus ou moins avouée apportée par le Parlement aux jansénistes. Les doctrines de Richer furent remises en honneur; certains même, dépassant Richer, inclinaient au «parochisme», sorte de démocratie cléricale. La Constitution civile du clergé de 1790 procéda également d'un certain gallicanisme, mais qui n'était pas celui du clergé, lequel était hostile à la prééminence de l'État. De là le très grand nombre de prêtres réfractaires.

Le concordat de 1801 et surtout les articles organiques qui l'accompagnaient constituèrent un compromis: l'autorité spirituelle du pape sur les évêques était consacrée, mais ceux-ci étaient nommés par le chef de l'État; de surcroît, leurs actes et leurs voyages étaient étroitement surveillés.

Au XIX^e siècle, le gallicanisme marqua un net recul devant l'ultramontanisme; le débat devait se clore après la proclamation de l'infaillibilité pontificale en 1870. Enfin, la loi de 1905, qui instaura la séparation de l'Église et de l'État, porta au gallicanisme son dernier coup.