Outre ces deux branches, Flavius Josèphe mentionne la présence de nombreux esséniens habitant les villes et les villages de Palestine; ils avaient la réputation d'une grande hospitalité et s'efforçaient, là où ils étaient, de mener une vie aussi proche que possible de celle pratiquée à Qoumrân. Philon, de son côté, évoque la présence d'esséniens, qu'il appelle les thérapeutes, juifs anachorètes vivant sur la lagune d'Alexandrie. Ce mouvement piétiste connut donc une vitalité et une extension remarquables, et il dura plus de deux siècles. La première guerre juive y mit brutalement fin, du moins à Qoumrân, en 71. Après la seconde révolte de 135, tout espoir de réorganisation ayant été détruit, les esséniens qui ne furent pas réabsorbés par le judaïsme officiel passèrent au christianisme ou à l'une des multiples sectes gnostiques de l'époque. Dans la mesure où ce mouvement décidait de rompre avec le milieu ambiant, afin de prolonger en un dernier effort «l'isolement splendide» de la période perse et hellénistique, ses membres ne participèrent guère à l'évolution de l'histoire du peuple juif.

Ils se sont tenus à l'écart, soit physiquement (exodes à Qoumrân ou à Damas), soit moralement (communautés quasi secrètes des esséniens vivant dans le «monde»), ne jouant qu'un rôle de catalyseur lors de chaque tension politique ou religieuse.

Après une période probatoire de trois ans, les nouveaux membres renonçaient à l'usage privé de leurs biens et menaient la vie de la communauté, dont les activités principales étaient le travail manuel (le groupe en vivait) et la réunion liturgique du soir préparant le banquet sacré, préfigurant le repas des «derniers temps». Les prescriptions et les rites réglaient minutieusement la vie de l'essénien, sur un calendrier précis et de nombreuses fêtes. La charité présidait aux rapports des membres de la communauté, le mensonge était un motif d'exclusion.

D'autre part, des ressemblances littérales, voire doctrinales, entre Jean et Paul et les écrits esséniens sont manifestes. L'organisation de l'Église primitive, telle qu'elle apparaît du moins idéalement dans les Actes ou dans les épîtres pauliniennes, est reprise à celle de la secte (communauté des biens, prière commune, repas liturgique). Sur le plan doctrinal, on retrouve la notion eschatologique du vrai Israël, l'anticipation, dès cette vie, de la béatitude inaugurée à la fin des temps, la lutte contre les forces du mal, etc. En d'autres termes, l'essénisme porte en lui de nombreux ferments qui ont fertilisé le sol où le christianisme a pris racine.