Selon la légende, l’abbatiale aurait été fondée par Clovis. Mais en réalité, son fondateur est vraisemblablement l’évêque de Cahors, Didier (entre 628 et 648). L’abbatiale a dû faire face à des raids arabes, normands, hongrois, avant d’être affiliée à l’ordre de Cluny en 1047. Sa reconstruction est entamée au XIe siècle par Durand de Bredon.

Le cloître est achevé en 1100 sous l'abbatiat d'Anquistil (comme en témoigne les inscriptions ci-contre, sur des piles du cloître). Le portail date également du XIIe siècle. C’est à cette époque qu’on peut observer l’apogée de l’abbaye (qui possède alors des dépendances jusqu’en Catalogne). La ville est ensuite saccagée en 1212 par Simon de Monfort (mais les sculptures sont sauvegardées). L’abbatiale perd progressivement son influence.

En 1466, l'abbaye est détachée de Cluny et perd son autonomie (abbés commendataires). Elle est sécularisée en 1626. En 1789, elle est transformée en fabrique de salpêtre et les figures des chapiteaux du cloître sont mutilées.

En 1846, elle est classée monument historique. Ceci n’empêche pas les promoteurs de la ligne Bordeaux-Sète de vouloir raser le cloître quelques années plus tard pour permettre le passage du chemin de fer. Finalement, seul le réfectoire et la cuisine seront détruits.

Le cloître compte soixante-seize chapiteaux reposant alternativement sur une ou deux colonnes fines. Les voûtes qui relient les colonnes ne sont pas purement romanes car elles ont été détruites puis reconstruites plus tardivement (XIIIe).

Quarante-six des soixante-seize chapiteaux figurent des épisodes des ancien et du nouveau Testaments sans ordre logique ou chronologique. Les autres chapiteaux présentent des motifs végétaux ( feuilles d'acanthe, palmettes...) ou animaux.

Chapiteau n° 2 : glorification de la croix

Chapiteau n° 5 : Daniel dans la fosse aux lions : Darius le Mède avait interdit le culte juif. Daniel bravant l’interdit, continuait à prier chez lui. Dénoncé, il est condamné à être dévoré par les lions. Néanmoins, ceux-ci l’épargnent (on voit les lions la gueule fermée, la queue autour de la taille). Les lettres dispersées signifient : " Ils ont mis Daniel avec les lions ". Suite à ce miracle, Darius se convertit.

Chapiteau n° 17 : Abel et Caïn. Les quatre faces du chapiteau présentent successivement Abel offrant à Dieu un agneau, Caïn offrant une gerbe au diable...

...Caïn tuant son frère, puis Dieu demandant à Caïn : " Qu’as-tu fait de ton frère ? ". Celui répond : " Nescio " (je ne sais pas). Les scènes sont légendées en latin par des lettres gravées dans le chapiteau même ou sur le tailloir.

Chapiteau n° 20 : David et Goliath (galerie ouest dernier pilier) : Représentation du géant philistin et du champion juif, armée de sa fronde et protégé par l’aile d’un ange, symétrique au bouclier de Goliath.

Chapiteau n° 22 : Un arbre luxuriant abrite des oiseaux : il annonce le rêve de Nabuchodonosor (auquel la première moitié de cette galerie est consacrée) quelques chapiteaux plus loin.

Chapiteau n° 23 : Babylone (représentée avec un grand luxe de détails, notamment les trous laissés par les échafaudages de construction).

Chapiteau n° 25 : Nabuchodonosor, le roi rêve qu’un arbre luxuriant abritant de nombreux oiseaux est abattu. Il demande l’interprétation de ce songe. Seul le prophète Daniel est à même d'apprendre au roi que l’arbre abattu signifie que le roi orgueilleux va perdre son trône pendant sept périodes.

Négligeant cet avertissement, le roi en reçoit un deuxième de la part d’un ange, qui lui annonce qu’il sera comme une bête et broutera l’herbe. La dernière face représente la réalisation de la prophétie.

Chapiteau n° 29 : La ville de Jérusalem, représentée en opposition à Babylone et qu'on distingue de celle-ci grâce à des inscriptions latines.

Chapiteau n° 33 : Le bon samaritain. Les sculptures représentent un homme, juif, assailli et frappé à coups de couteau par des bandits. Il n'est pas secouru par ses coreligionnaires, même par un prêtre et un lévite. C'est finalement un samaritain, c'est-à-dire un étranger méprisé par les juifs, qui lui porte secours.

Chapiteau n° 38 : Le chapiteau de l’angle sud-est représente le baptême du Christ par saint Jean-Baptiste. Le Christ est entré dans l'eau (remarquer la très grande finesse dans la sculpture des vagues, chaque vague étant ciselée en quatre petites vaguelettes) jusqu'à mi-corps, tandis que deux apôtres tiennent ses vêtements. La colombe du Saint Esprit descend sur lui.

A l’angle avec la galerie sud, le cloître ouvre sur l’abbatiale. Saint Pierre figure en bas-relief sur le pilier qui fait l'angle. Il montre l'église de la main.

La salle capitulaire et la chapelle Saint-Ferréol (musée lapidaire) s’ouvrent également sur cette galerie. A l’angle avec la galerie nord se trouve le chauffoir (voûte en brique). Le pilier central représente Durand de Bredon (ci-contre), qui redressa l'abbaye au XIe.

Chapiteau n° 40 : Martyres des apôtres Pierre et Paul , l’un crucifié la tête en bas (ci-contre) et l’autre décapité. Les pieds de Saint Pierre ont été martelés par les révolutionnaires, avant qu'ils ne s'aperçoivent que son visage était en bas. On peut observer une petite cavité qui contenait probablement des reliques.

Chapiteau n° 50 : les noces de Cana

Chapiteau n° 52 : l'adoration des Mages

Chapiteau n° 55 : martyre de Saint Saturnin. Le premier évêque de Toulouse est traîné par un taureau sur les marches du temple du Capitole, pour avoir refusé de sacrifier aux dieux païens.

Chapiteaux n° 57 et 58 : trois saints espagnols, Fructueux, Augure et Euloge, dans les flammes. Derrière, l'Annonciation et la Visitation

Chapiteau n° 52 : miracles de saint Benoît

de l’autre, les filets sont chargés de poissons et la barque est plus enfoncée.

Chapiteau n°74 : saint Martin. Martin partage son manteau avec un pauvre (à gauche). Puis le Christ apparaît avec ce manteau.

Enfin, Martin, devenu évêque de Tours, ressuscite un mort (à droite). L'histoire est inscrite sur le tailloir.

Un autre apôtre Saint Simon figure sur un des piliers centraux à l’intérieur du jardin (galerie ouest). Les oeuvres sont gravées dans des plaques de marbre peu épaisses. On peut noter à chaque fois que la perspective est assez mal maîtrisée et les plis des vêtements extrêmement rigides. Les trois derniers apôtres reposaient sur l’abri d’une fontaine aujourd’hui disparue.