Philippe le Bel, avançait à grands pas dans cette affaire, il tourmentait Clément V de toutes sorte de façons, sous toutes les formes, et ne lui laissait aucun répit.
Il fit trier sur le volet soixante-douze Templiers, parmi ceux qui avaient passé des aveux, obtenus à l'aide de menaces et de la torture, et il les transfère à Poitiers, devant Clément qui les examina. Ils renouvelèrent leurs aveux.
"Il était difficile qu'il en soit autrement. Leurs confessions était consignées par écrit, et à quelques jours de là elles furent lues en consistoire public, et ils persistèrent".
Toutefois, plusieurs Frères comparaissant le 13 février 1310 devant la grande commission d'enquête ils se rétracteront, et protesteront qu'ils ont menti devant le Pape; ce sont les Frères Gazerandus de Monte-Passato, Johannes Costa, Stephanus Trebati, de Fore-Agula, Dorde Japhet et Raymundus Finel.
"Tout porte à croire que ces soixante-douze Templiers firent certains aveux, par obéissance envers le Pape".
Dans tous les cas, ceux auxquels la torture avait arraché des mensonges n'avaient plus osé se dédire.
La résistance de Clément V continuait, Philippe était résolut à frapper encore un grand coup pour intimider le Pape.
Dans l'entourage du Roi l'on disent:
"Le Roi n'a-t-il pas le droit de juger les Templiers ? Son pouvoir temporel est-il donc si restreint ? Doit-il attendre les réquisitions du Saint-Siége ? "
A ce sujet, Philippe le Bel provoqua une délibération des maîtres en théologie de Paris, qu'il consulta sur ces divers points. Le 25 mars 1307, jour de l'Annonciation de la Vierge, les maîtres en théologie rendaient le décret suivant, qui donnait à Philippe le Bel toute sa puissance:
1) L'autorité du juge séculier ne peut s'étendre à faire le procès à aucun pour fait d'hérésie, sinon que l'Église l'en ait requis, et ait abandonné celui de qui l'on se plaint. Toutefois, en cas de nécessité le juge séculier le peut prendre pour le rendre tout de suite à l'Église.
2) Ceux qui sont en une milice pour la défense de la foi profitent du bénéfice de leur institution; ils sont religieux et exempts.
3) Pour leurs biens, ils doivent être réservés pour être 'employés aux fins qu'ils leur ont été donnés' (non pas pour l'Ordre en entier). Le Roi est le premier champion, le premier défenseur de la foi. Donné le jour de l'Annonciation de Notre-Dame 1307 (25 mars).
Philippe entendit user de son titre de défenseur de l'Église contre l'Eglise elle-même; le 25 mars, il adressa une lettre circulaire de convocation aux états généraux du royaume. Les états généraux ! cette arme qui lui avait si bien réussi contre Boniface VIIl, devaient encore lui servir à souhait contre l'Ordre du Temple et contre l'Église romaine. Le Roi prescrivit aux états généraux de se réunir à Tours, dans trois semaines après Pâques, le 14 avril, premier jour de l'année 1308. Nous donnons la traduction de la circulaire de Philippe le Bel, Cette circulaire est écrite en termes de feu; elle fait appel à la haine, aux plus mauvaises passions. Philippe s'érige en véritable souverain pontife. Rien n'égale l'audace de son langage:

Philippe, roi de France par la grâce de Dieu, à nos amis et féaux, maires, consuls, jurés et communes, salut. Nos ancêtres se sont particulièrement distingués entre les autres princes par leur zèle à extirper en France les hérésies et les erreurs qui affligeaient l'Eglise, défendant ainsi la foi catholique, cette pierre précieuse, contre les voleurs et les larrons. Fidèle à notre origine, et suivant les traces de nos pères, nous voulons profiter de ce temps de paix que Dieu nous a accordé, pour faire la guerre aux ennemis cachés de la foi et qui sont d'autant plus dangereux. Vous savez que la foi catholique est notre vie, que nous vivons en Jésus-Christ. Tout violateur de la foi est notre ennemi, et conspire contre nos jours à nous qui sommes catholiques Aimons le Sauveur qui nous aime, ne faisons avec lui qu'un seul corps. Vengeons ses injures. Oh ! douleur ! Vous connaissez l'erreur des Templiers, erreur amère, abominable, lamentable. Ils reniaient Jésus-Christ, forçaient ceux qui entraient dans leur Ordre à renier le Sauveur et les sacrements. Ils crachaient sur la croix, instrument de la rédemption; ils la foulaient aux pieds, ils se livraient aux plus vils attouchements, ils adoraient une idole, et se permettaient ce que les brutes ignorent. Le ciel, la terre, les éléments sont contaminés par le souffle impur de leurs crimes. Ces énormités, ils les ont commises dans toutes les parties du royaume; les chefs de l'Ordre l'ont avoué, si l'on peut appeler cela un Ordre. Ils les ont commises en Orient, dans tous les pays. Les lois, les armes, les quatre éléments doivent se lever contre cette peste scélérate. Dans le but d'extirper tant de crimes et d'assurer l'honneur de l'Eglise, nous nous proposons de nous rendre au plus tôt auprès du pape. Nous voulons que vous, qui faites partie du fidèle troupeau de L'Eglise, soyez participants avec nous à l'oeuvre que nous poursuivons; en conséquence, nous vous prescrivons d'envoyer à Tours dans trois semaines, à partir de Pâques, deux hommes ardents défenseurs de la foi par chacune de vos principales villes. Ces hommes assisteront à l'assemblée au nom de vos communautés, et aviseront avec nous sur ce qu'il sera opportun de faire. Donné à Melun, 25 mars 1307.

Une lettre du bailli de Caux du 25 mars, adressée à la commune d'Arques, l'informe que le Roi a résolu de tenir une assemblée à Tours, dans trois semaines, pour aviser à ce qui devra être fait au sujet des erreurs énormes des Templiers; à cet effet, chaque ville devra députer deux homme pour assister le Roi et lui donner leurs conseils. A la date du 26 mars, Philippe le Bel écrivit au clergé et aux grands feudataires. On trouve la liste et l'énoncé d'un certain nombre de procurations données pour assister aux états généraux de 1308. Elles portent les dates de mai et de juin. La circulaire du 25 mars 1307 est insérée au corps de quelques procurations.

"L'archevêque de Bordeaux, Arnaud de Canteloup, envoya un mandataire, tout en protestant qu'il n'était attaché à Philippe le Bel par aucun lien de fidélité, n'entendant préjudicier en quoi que ce soit au Siège apostolique, aux droits de l'Eglise de Bordeaux et à ceux de ses sujets. Le suzerain de l'évêque de Bordeaux était le roi d'Angleterre, duc d'Aquitaine".

Philippe se rendit à Tours avec les députés; il y arriva le 11 mai 1308. Les états s'assemblèrent le 10 juin; le Roi voulait prendre conseil avant de se rendre auprès du Pape à Poitiers. L'assemblée déclara les Templiers coupables; "elle déclara qu'ils méritaient la mort". Cette décision des états généraux donnait à Philippe une force énorme; la noblesse, le clergé, les communes, tout le monde était pour lui.
Le Roi se transports à Poitiers avec une partie des députés. Molay et plusieurs de ses Frères, si l'on en croit la Chronique de Saint-Victor, furent transférés à Poitiers, et mis en présence du Pape et du Roi dans le courant de juin 1308. Les deux souverains leur firent connaître leurs volontés (c'est-à-dire leurs volontés de détruire l'Ordre). Philippe promit à Molay de lui faire grâce s'il persistait dans ses aveux.
Le dimanche 15 octobre 1307, Molay et les grands de l'Ordre avaient comparu devant les maîtres en théologie de l'Université de Paris, que leurs aveux avaient été consignés par écrit; que Molay avait tout avoué au nom de l'Ordre ! et adressé des lettres à tous ses Frères en leur prescrivant d'avouer, ce qu'il aurait confessé lui-même; que le reniement de Jésus-Christ était une ancienne erreur à laquelle ils s'étaient laissé entraîner; que copies de ces aveux et de ces lettres de Molay avaient été adressées au Roi à Poitiers.
La bulle du Pape, du 12 août 1308, qui entre dans les détails les plus circonstanciés sur les faits et gestes des Templiers, parle de cet incident; elle le résume en termes vagues. Elle ne dit rien des prétendues lettres de Molay; elle vise les aveux du grand maître consignés au procès-verbal de Guillaume de Paris. Molay n'a pas tout avoué, comme l'insinue, cet inquisiteur; il a confessé seulement avoir renié Jésus-Christ, avoir craché par terre, et non sur la croix; mais il a nié tout le reste.
Il existe une contradiction énorme entre la Chronique de Saint-Victor et les déclarations de Molay, connues et consignées dans les enquêtes, entre les faits dont parle la Chronique et ceux relevés par les divers inquisiteurs. Molay n'a jamais passé d'autres aveux; Ce qui veut dire, les cardinaux Bérenger, Étienne et Landulphe ont fait un faut à Philippe le Bel et rien de plus.
Les membres de la grande commission n'eurent jamais ces prétendues lettres de Molay dans leur dossier, pas plus que le procès-verbal des maîtres de l'Université. L'enquête est muette sur ce point. Les lettres apocryphes qui circulèrent dans les prisons n'émanaient pas de Molay. Ces lettres, revêtues de faux cachets, et même de celui du Roi, constituèrent des manœuvres de prison. Ce qu'il faut retenir du transfèrement de Molay à Poitiers, en juin 1308, c'est que le Pape et Philippe le Bel "lui imposèrent leurs volontés". Le Roi promit au grand maître la vie sauve s'il persistait dans ses aveux.
Clément hésitait encore, il voulait réformer l'Ordre, et non le casser. Le Roi menaça de nouveau le Pape de reprendre le procès à la mémoire de Boniface VIII; Philippe eut recours, à des procédés inavouables, moyens à l'aide desquels on était déjà parvenu à faire perdre la tête à un homme de l'énergie de Boniface VIII.
La faiblesse de Clément V, prisonnier du Roi, sans défense, compromis, ne pouvait y suffire. Ce fut à partir de ce moment que commença réellement la captivité de "Babylone" (d'Avignon). La conscience du Pape était violentée; Clément V sera contraint de composer avec Philippe le Bel.